La Benincasa conserva un fondo di 342 manoscritti di carattere generale. Alcuni di essi costituiscono le fonti principali per la storia di Ancona, come le opere di Camillo Albertini, tra cui la Storia di Ancona e Ancona invasa dai Francesi. Tra i manoscritti conservati si ricorda anche il celebre Portolano di Grazioso Benincasa (sec. XV).

In allegato è consultabile e scaricabile l’inventario alfabetico dei manoscritti.
Ad essi si aggiunge la raccolta di 241 manoscritti musicali, donati alla Benincasa dalla nobile famiglia Nappi nel 1937.

La raccolta riflette gli interessi culturali di Carlo Ignazio Nappi (1723-1796) e di suo figlio Emanuele (1767-1836); comprende in prevalenza manoscritti databili dalla seconda metà del secolo XVIII fino ai primi anni del secolo XIX.