La Benincasa conserva un fondo di 62 incunaboli.

Sono pervenuti in Biblioteca essenzialmente attraverso due strade: tramite l’ afflusso di biblioteche delle corporazioni religiose soppresse e attraverso donazioni di famiglie o privati, quale ad esempio quella di Giorgio Terni o quella di Lorenzo Cesanelli, mentre uno dei conventi più ricordato nelle loro provenienze è l’antico convento francescano di Castel d’Emilio.

Si tratta di pubblicazioni per lo più religiose o di diritto, con alcuni testi di letteratura e geografia, stampati tra 1473 e 1500 per gran parte a Venezia; alcuni esemplari sono realizzati da tipografi esteri, soprattutto di Strasburgo e Norimberga.

L’opera certamente più conosciuta nel fondo degli incunaboli è la Geografia di Francesco Berlinghieri, stampata intorno al 1492 a Firenze. Si tratta di un adattamento in terza rima della Geografia di Tolomeo, con addizioni di Marsilio Ficino, che contiene numerose e bellissime tavole.